Яна Вагнер родилась 8 октября 1973 года в Москве в двуязычной семье русско-чешского происхождения. Ее мать приехала в Советский Союз из Чехословакии в конце 1960-х изучать русский язык и литературу, а детство будущей писательницы проходило между Москвой и поездками в Чехословакию к бабушке и дедушке. С ранних лет она читала по-русски и по-чешски.
После школы она окончила Российский государственный гуманитарный университет, работала переводчиком с английского и диктором на радио. Позже больше десяти лет занималась транспортной логистикой; эта работа дала ей возможность путешествовать по Африке, Европе и Латинской Америке.
Литературный дебют пришел к ней с романом «Вонгозеро» - камерной антиутопией об эпидемии неизвестного вируса и людях, которым приходится спасаться в мире на грани распада. Книга была номинирована на премии «Национальный бестселлер» и «НОС», переведена на 11 языков и получила экранизацию в виде сериала «Эпидемия».
