Михаэль Энде родился 12 ноября 1929 года в Гармиш-Партенкирхене, в Баварии. Его отец, художник-сюрреалист Эдгар Энде, за нонконформистские взгляды подвергался преследованию при гитлеровском режиме и позднее был назван «художником дегенеративного искусства». Детство будущего писателя прошло в бедности, среди родительских ссор, нехватки внимания и постоянного страха перед нуждой.
Он учился в гимназии, но прилежным учеником не был.
Энде писал для юных читателей, в том числе школьников. За вклад в развитие детской литературы писатель был награжден почетной премией Януша Корчака.