Она родилась 26 октября 1976 года в Ленинграде. С детства она много читала российскую и зарубежную художественную литературу, особенно любила книги о приключениях ровесников; позже увлеклась фантастикой, классикой, стихами и мемуарами поэтов Серебряного века.
Первые литературные опыты начались еще в школьные годы. В тринадцать лет она писала стихи, участвовала в поэтическом конкурсе Санкт-Петербургского отделения Союза писателей и после него была приглашена в литературное объединение «Муха под Луной». Затем занималась в клубе «Пегасик» при молодежной газете «Пять углов». В пятнадцать лет написала первый прозаический рассказ, занявший призовое место на конкурсе «Для тех, кто не любит читать».
Профессию автор выбрала инженерную: поступила в Ленинградский институт машиностроения и окончила его с красным дипломом в 2000 году. Первая повесть писательницы была опубликована в журнале «Урал» в 2011 году, в том же году вышла ее первая книга. Позднее она публиковалась в издательствах Санкт-Петербурга, Москвы и Минска.
В ее детской прозе часто важен момент перемены: новый дом, непривычное место, отношения с близкими, чувство тревоги и ожидания. Эти реальные для ребенка переживания переплетаются с тайной, мягким волшебством и природной атмосферой - от зимней сказочности до лесной деревушки.
Екатерина Каретникова - лауреат премии Крапивина 2011 года и лауреат премии Крапивина по версии детского жюри отряда «Каравелла» 2016 года.