Джон Бойн родился 30 апреля 1971 года в Дублине. В детстве он зачитывался приключенческой классикой, а в двенадцать лет впервые попробовал писать сам. Позже изучал английскую литературу в Тринити-колледже, затем учился писательскому мастерству в Университете Восточной Англии, где получил премию Кертиса Брауна за лучшую студенческую прозу.
Важной фигурой в его становлении стал Малькольм Брэдбери: он считал большой удачей учебу у британского классика современной литературы и всю жизнь следовал его совету писать каждый день. Первый серьезный успех пришел к нему с короткой прозой, когда один из рассказов попал в ирландский шорт-лист Hennessy Literary Award.
Мировую известность писателю принесла история о ребенке на фоне трагических событий XX века. Его книги выходят большими тиражами в разных странах и переведены на 50 языков. Он обращается к подросткам и взрослым читателям, которым близки сдержанные, драматичные сюжеты о детском взгляде на жестокий взрослый мир.
В прозе автора часто звучат темы семьи, сиротства, дружбы, взросления, перемены имени или судьбы. Его герои - дети, чья привычная жизнь рушится внутри больших исторических потрясений, особенно в Европе конца 1930-х. Писатель также учредил ежегодную премию для студентов из Ирландии, изучающих литературное творчество в Университете Восточной Англии в Норидже.